Добрый день. Смотря для каких целей Вы считаете накладные расходы. Если Вы анализируете собираемость бюджета доходов и расходов, то статья затрат на НДС вообще не относится к накладным расходам, налоговая нагрузка идёт отдельной статьёй расходов. В данной ситуации и доходная и расходная части рассматриваются без НДС.

Если Вы собираете накладные расходы для бюджета движения денежных средств, то фин.результат анализируется по движению денежных средств с расчётного счёта предприятия и кассы, поэтому НДС учитывается.