Потому что есть общее слово.
§112. Знаки препинания в сложносочиненном предложении Правил русской орфографии и пунктуации Лопатина.
В сложносочиненном предложении с одиночными союзами и, да (в значении «и»), или, либо запятая не ставится в следующих случаях:

1) если части сложносочиненного предложения имеют общий второстепенный член или общую придаточную часть: В ветер леса́ шумят великим океанским гулом и вершины сосен гнутся вслед пролетающим облакам (Пауст.); Сквозь дождь лучилось солнце и раскидывалась радуга от края до края (Пришв.); ...
В вашем случае общее слово "хотя" (хотя лейтенанта Володина тошнило и хотя голова его была как свинцом налита) - оно относится и к первой части сложносочиненного предложения, и ко второй (в третьей оно стоит отдельно).